En el tratamiento de las enfermedades periodontales, lo primero es realizar un detenido estudio periodontal clínico y radiológico para valorar el estado de la encía, hueso y dientes del paciente. Antes de empezar el tratamiento se determina el diagnóstico y se establece un plan de tratamiento.
La fase básica del tratamiento va dirigida a eliminar las bacterias que originan la enfermedad periodontal , procedimiento llamado raspado y alisado radicular. En los casos más complicados luego es necesario hacer el tratamiento avanzado, en el que se realiza microcirugía periodontal para eliminar las bolsas periodontales y así evitar la recolonización bacteriana.